PCR是聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PolymeraseChainReaction)的簡稱。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)也可以當(dāng)作一項極其重要的酶促合成DNA技術(shù)。PCR又稱為無細(xì)胞克隆系統(tǒng)或特異性DNA序列體外引物定向酶促擴(kuò)增法,是基因擴(kuò)增技術(shù)的一次重大革新,它可將極微量的靶DNA特異地擴(kuò)增上百萬倍。
聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)是在DNA聚合酶催化下,以母鏈DNA為模板以特定引物為延伸起點,通過變性、退火、延伸等步驟,體外復(fù)制出與母鏈模板DNA互補的子鏈DNA的過程。是一項DNA體外合成放大技術(shù),能快速特異地在體外擴(kuò)增任何目的DNA??捎糜诨蚍蛛x克隆,序列分析,基因表達(dá)調(diào)控,基因多態(tài)性研究等許多方面。
一對合成DNA的引物經(jīng)過高溫變性、低溫退火和中溫延伸三個階段為一個循環(huán),每一次循環(huán)使特異區(qū)段的基因拷貝數(shù)放大一倍,一般樣品是經(jīng)過30次循環(huán),最終使基因放大了數(shù)百萬倍;將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行電泳,經(jīng)溴化乙錠染色,在紫外燈照射下肉眼能見到擴(kuò)增特異區(qū)段的DNA帶。
二、設(shè)計要點
1、主體結(jié)構(gòu):
目前實驗室的主體多為彩鋼板、鋁合金型材。室內(nèi)所有陰角、陽角均采用鋁合金R50內(nèi)圓角鋁,從而解決容易污染、積塵、不易清掃等問題。并且彩鋼板結(jié)構(gòu)牢固,線條簡明,美觀大方,密封性好。
2、標(biāo)準(zhǔn)的四區(qū)分隔和氣壓調(diào)節(jié):
將PCR過程分成試劑準(zhǔn)備、標(biāo)本制備和PCR擴(kuò)增區(qū)及產(chǎn)物分析檢測區(qū)四個獨立的實驗區(qū)。整個區(qū)域有一個整體緩沖走廊。每個獨立實驗區(qū)設(shè)置有緩沖區(qū),同時各區(qū)通過氣壓調(diào)節(jié),使整個PCR實驗過程中試劑和標(biāo)本免受氣溶膠的污染并降低擴(kuò)增產(chǎn)物對人員和環(huán)境的污染。
3、消毒:
在四個實驗區(qū)和四個緩沖區(qū)頂部以及傳送窗內(nèi)部安裝有紫外燈,供消毒用。在試劑準(zhǔn)備區(qū)和標(biāo)本制備區(qū)還設(shè)置移動紫外線燈,對實驗桌進(jìn)行局部消毒。
4、機械連鎖不銹鋼傳遞窗:
試劑和標(biāo)本通過機械連鎖不銹鋼(不建議使用電子連鎖方式)傳遞窗傳遞,保證試劑和標(biāo)本在傳遞過程中不受污染(人物分流)。
5、地面
地面建議使用PVC卷材地面或自流坪地面,整體性好。便于進(jìn)行清掃,耐腐蝕。沒有條件的也可采用水磨石地面,或大塊的瓷磚(至少800mm×800mm)接縫需要小于2mm。
6、照明
燈具要選用凈化燈具,能達(dá)到便于清洗、不積塵的特點。另外:
?PCR實驗室可分為兩個大的功能工作區(qū)域:核酸擴(kuò)增前區(qū)和核酸擴(kuò)增后區(qū)。核算擴(kuò)增前區(qū)包括試劑準(zhǔn)備間和樣本制備間,這個兩房間各自獨立,不能出現(xiàn)空氣互通,這兩個房間相對外界氣壓呈正壓狀態(tài)。核酸擴(kuò)增后區(qū)包括擴(kuò)增區(qū)和產(chǎn)物分析區(qū),使用實時熒光PCR儀、HIV病毒載量測定儀的PCR實驗室,這個兩區(qū)域可以合并為一個房間。這個區(qū)域如果是分開兩個房間,這兩個房間也必須是各自獨立,不能出現(xiàn)空氣互通。核算擴(kuò)增后區(qū)對外界氣壓呈負(fù)壓狀態(tài)。
PCR實驗室根據(jù)使用儀器的功能合理設(shè)置各個工作區(qū)域,如采用聚合酶聯(lián)反應(yīng):則設(shè)置試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)四個單獨的工作區(qū)域,這是最常用的分區(qū)方式。樣品需要粉碎處理的,還需增設(shè)樣品粉碎區(qū);若使用實時熒光PCR法:基因擴(kuò)增區(qū)、基因產(chǎn)物分析區(qū)可以合并在一個房間內(nèi);采用標(biāo)本處理、核酸提取及擴(kuò)增檢測為一體的全自動化PCR分析儀,則標(biāo)本制備區(qū)、擴(kuò)增區(qū)、擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)可合并為一個區(qū)域,因此PCR實驗室原則上設(shè)置五個區(qū)或四個區(qū)或三個區(qū)或二個單獨的工作區(qū)。
核酸擴(kuò)增前區(qū)和核酸擴(kuò)增后區(qū)可設(shè)在一個房間內(nèi),但必須在滿足下列要求的前提下:
a.核酸擴(kuò)增前區(qū)實驗室內(nèi)設(shè)置兩個不同位置的實驗區(qū),試劑配置在超凈工作臺中操作,樣品處理在生物安全柜內(nèi)操作。
b.在核酸擴(kuò)增后區(qū)使用全封閉的擴(kuò)增和檢測系統(tǒng),如實時熒光PCR儀等。
c.每個實驗人員使用各自的試劑、耗材、移液器和盛放污染物的盛器。
d.在實驗前后對操作區(qū)域和共享器具進(jìn)行清潔及消毒。
e.各區(qū)域的試劑、器具、儀器和設(shè)備為該區(qū)專用,不得交叉使用。
三、空氣流與壓差要求
PCR實驗室的空氣流向必須嚴(yán)格按照試劑儲存和準(zhǔn)備區(qū)→標(biāo)本制備區(qū)→擴(kuò)增區(qū)→擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)空氣壓力逐漸遞減方式進(jìn)行,防止擴(kuò)增產(chǎn)物順空氣氣流進(jìn)入擴(kuò)增前的區(qū)域。風(fēng)速流向不得混亂。
為了保證房間內(nèi)的壓差和避免污染,應(yīng)在空調(diào)面板處寫清楚送風(fēng)機和排風(fēng)機的開啟順序和關(guān)閉順序,先后順序不得混亂。
空氣潔凈級別不同的相鄰房間之間的靜壓差應(yīng)大于5帕,
潔凈室(區(qū))與室外大氣的靜壓差應(yīng)大于10帕,應(yīng)配備監(jiān)測靜壓差的設(shè)備,并定期監(jiān)控。
一般情況下,試劑配制室及樣品處理室宜呈微正壓,以防外界含核酸氣溶膠的空氣進(jìn)入,造成污染;可以通過控制進(jìn)風(fēng)風(fēng)量大于排風(fēng)風(fēng)量達(dá)到正壓效果。
核酸擴(kuò)增室及產(chǎn)物分析室應(yīng)呈微負(fù)壓,以防含核酸的氣溶膠擴(kuò)散出去污染試劑與樣品,可以通過控制排風(fēng)風(fēng)量大于進(jìn)風(fēng)風(fēng)量達(dá)到負(fù)壓效果。
在理想情況下,PCR實驗室緩沖間內(nèi),可設(shè)置正壓,使室內(nèi)空氣不流向室外,室外空氣不流向室內(nèi)。PCR實驗室進(jìn)風(fēng)由原有中央空調(diào)控制的要求將中央空調(diào)風(fēng)口安裝到指定定點。
四、實驗室面積及設(shè)備間距
一般來說各房間的面積沒有嚴(yán)格要求,只需能放置所需儀器設(shè)備,并且便于人員操作即可,但是有生物安全柜的房間面積不能小于10平米,并且每增加一臺生物安全柜,房間就要增加10平米。
各實驗室緩沖間的面積一般為1300*(1300或1500)mm為宜,并且緩沖間的面積不能大于實驗室房間面積的1/8。
在做平面設(shè)計的時候,首先要考慮的因素是就是“安全”,實驗室是最易發(fā)生爆炸、火災(zāi)、毒氣泄露等的場所。我們在做平面設(shè)計的時候,應(yīng)盡量地要保持實驗室的通風(fēng)流暢、逃生通道暢通。根據(jù)國際人體工程學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)。我們做如下的劃分以供參照:
實驗臺與
實驗臺通道劃分標(biāo)準(zhǔn)(通道間隔用L表示)L>500mm時,一邊可站人操作;L>800mm時,一邊可坐人操作;
L>1200mm時,一邊可坐人,一邊可站人,中間不可過人;
L>1500mm時,兩邊可坐人,中間可過人;
L>1800mm時,兩邊可坐人,中間可過人可過儀器
天平臺、儀器臺不宜離墻太近,離墻400mm為宜。為了在工作發(fā)生危險時易于疏散,
實驗臺間的過道應(yīng)全部通向走廊。另:實驗室建筑層高宜為3.7米-4.0米為宜,凈高宜為2.7米-2.8米,有潔凈度、壓力梯度、恒溫恒濕等特殊要求的實驗室凈高宜為2.5米-2.7米(不包括吊頂);實驗室走廊凈寬宜為2.5米-3.0米.普通實驗室雙門寬以1.1米-1.5米(不對稱對開門)為宜,單門寬以0.8米-0.9米為宜。
五、潔凈裝修要求
潔凈室(區(qū))的內(nèi)表面應(yīng)平整光滑、無裂縫、接口嚴(yán)密、無顆粒物脫落,并能耐受清洗和消毒,墻壁與地面的交界處宜成弧形或采取其他措施,以減少灰塵積聚和便于清潔。
潔凈室(區(qū))內(nèi)各種管道、燈具、風(fēng)口以及其他公用設(shè)施,在設(shè)計和安裝時應(yīng)考慮使用中避免出現(xiàn)不易清潔的部位。
潔凈室(區(qū))的窗戶、天棚及進(jìn)入室內(nèi)的管道、風(fēng)口、燈具與墻壁或天棚的連接部位均應(yīng)密封。
六、工作服要求
在
凈化車間內(nèi)工作的人員應(yīng)穿著符合要求的工作服。工作服的選材、式樣及穿戴方式應(yīng)與生產(chǎn)操作和空氣潔凈度級別要求相適應(yīng),并不得混用。潔凈工作服的質(zhì)地應(yīng)光滑、不產(chǎn)生靜電、不脫落纖維和顆粒性物質(zhì)。無菌工作服必須包蓋全部毛發(fā)、胡須及腳部,并能阻留人體脫落物。不同空氣潔凈度級別使用的工作服應(yīng)當(dāng)分別清洗、整理,必要時消毒或滅菌。工作服洗滌、滅菌時不應(yīng)帶入附加的顆粒物質(zhì)。工作服應(yīng)制定清洗周期。
進(jìn)入各個區(qū)域必須嚴(yán)格按照單一方向進(jìn)行,不同的工作區(qū)域使用不同的工作服(例如不同的顏色)。工作人員離開時,不得將工作服帶出。
實驗室應(yīng)建立、執(zhí)行人員進(jìn)出潔凈區(qū)的清潔程序和管理制度,人員清潔程序合理。
七、人流路徑與物流路徑
進(jìn)入實驗室區(qū)域工作人員應(yīng)該按照以下路徑:
公共清潔區(qū)——更衣間(更換潔凈服)——緩沖間——污染實驗區(qū)
工作人員退出實驗室的路徑為:
污染試驗區(qū)——緩沖間——淋浴間(有條件的可設(shè)置)——更衣間——公共清潔區(qū)所有的物品進(jìn)入實驗區(qū)必須經(jīng)過雙扉互鎖傳遞窗,利用傳遞窗消毒后才可進(jìn)入,實驗室內(nèi)所有物品的也必須經(jīng)過傳遞窗才可以傳遞到實驗室以外的清潔公共區(qū)。
八、門的開啟方向
實驗室建筑層高宜為3.7米-4.0米為宜,PCR實驗室凈高宜為2.5米-2.7米(不包括吊頂);實驗室走廊凈寬宜為2.5米-3.0米.普通實驗室雙門寬以1.1米-1.5米(不對稱對開門)為宜,單門寬以0.8米-0.9米為宜。
一般實驗室門主要向里開,但如有危險的房間,房門應(yīng)朝外開,房門材質(zhì)最好選擇壓力玻璃。
有壓差梯度的房間,門的開啟方向應(yīng)朝向正壓方向一側(cè)開啟;
考慮到消防安全,對于那些主要逃生門的開啟方向應(yīng)朝向清潔區(qū)方向開啟。
九、基本儀器設(shè)備考慮
(1)試劑貯存和準(zhǔn)備區(qū)
該實驗區(qū)主要進(jìn)行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝和主反應(yīng)混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應(yīng)直接運送至該區(qū),不得經(jīng)過其他區(qū)域。試劑原材料必須貯存在本區(qū)內(nèi),并在本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。對與氣流壓力的控制,本區(qū)應(yīng)對外界保持微正壓。
試劑準(zhǔn)備區(qū)儀器設(shè)備主要應(yīng)有加樣器、冰箱、天平、低速離心機、混勻器、可移動紫外燈等??墒褂贸瑑艄ぷ髋_作為試劑配制操作臺面。
(2)標(biāo)本制備區(qū)
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為樣本的保存、核酸(RNA、DNA)提取、貯存及其加入至擴(kuò)增反應(yīng)管和測定DNA的合成。本區(qū)的壓力梯度要求為:相對于鄰近區(qū)域為正壓,以避免從鄰近區(qū)進(jìn)入本區(qū)的氣溶膠污染。另外,由于在加樣操作中可能會發(fā)生氣溶膠所致的污染,所以應(yīng)避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動。
標(biāo)本制備區(qū)儀器設(shè)備主要應(yīng)有生物安全柜(最好為B2,可避免提取核酸在柜內(nèi)反復(fù)循環(huán),造成標(biāo)本間交叉“污染”,出現(xiàn)假陽性結(jié)果。此外還應(yīng)配備加樣器、臺式高速離心機(冷凍及常溫)、臺式低速離心機、恒溫設(shè)備(水浴和/或干浴儀)、冰箱、混勻器和可移動紫外燈等。
(3)擴(kuò)增和擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)
該區(qū)域主要進(jìn)行的操作為DNA擴(kuò)增和擴(kuò)增片段的測定。此外,已制備的DNA模板(來自樣本制備區(qū))的加入和主反應(yīng)混合液(來自試劑貯存和制備區(qū))制備成反應(yīng)混合液等也可在本區(qū)內(nèi)進(jìn)行。本區(qū)的壓力梯度要求為:相對于鄰近區(qū)域為負(fù)壓,以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的污染,應(yīng)盡量減少在本區(qū)內(nèi)的不必要的走動。個別操作如加樣等應(yīng)在超凈臺內(nèi)進(jìn)行。
擴(kuò)增區(qū)主要儀器就是核酸擴(kuò)增熱循環(huán)儀(PCR儀,實時熒光或普通的)。熱循環(huán)儀的電源應(yīng)專用,并配備一個穩(wěn)壓電源或UPS,以防止由于電壓的波動對擴(kuò)增測定的影響。此外,根據(jù)工作需要,還可配備加樣器、超凈臺等。
產(chǎn)物分析區(qū):本區(qū)所使用的儀器設(shè)備可能有加樣器、電泳儀(槽)、電轉(zhuǎn)印儀、雜交爐或雜交箱、水浴箱、DNA測序儀、酶標(biāo)儀和洗板機等。
十、實驗室風(fēng)量測算
1、排風(fēng)量的計算方法:
根據(jù)面風(fēng)速來確定排風(fēng)量(面風(fēng)速的一般取值為:0.3~0.5m3/h)計算公式:
G=S•V•h•μ=L•H•3600•μ
十一、安全注意問題
A、生物安全柜的擺放位置不易擺放在與出入口緊鄰的墻體上;
B、實驗室內(nèi)的通訊設(shè)施應(yīng)該放置于生物安全柜對面;
C、實驗室門口位置設(shè)置緊急洗眼器和緊急噴淋,以防止實驗人員受到傷害;
D、高壓滅菌器應(yīng)與傳遞窗緊鄰;
E、實驗室內(nèi)的壓力顯示器和報警裝置都應(yīng)放置在醒目位置;
F、與室外聯(lián)系的電話應(yīng)放置在醒目位置,并且放置在便于實驗室人員快速拿起的位置;
G、實驗室應(yīng)該具有防止昆蟲和其他動物進(jìn)入的措施。
十二、PCR實驗室管理
(1)嚴(yán)格控制進(jìn)出實驗室的人員。與實驗無關(guān)的人員不得隨意進(jìn)出實驗室,有條件的情況下要設(shè)置獨立的通道和進(jìn)出整個實驗區(qū)的門;
(2)盡量減少在實驗區(qū)內(nèi)不必要的走動以減少交叉污染的可能性;
(3)擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)是最主要的擴(kuò)增產(chǎn)物污染來源,廢液不能在實驗室中傾倒,必須經(jīng)消毒液浸泡消毒后在遠(yuǎn)離實驗室的地方棄掉,用過的吸頭等一次性材料也應(yīng)經(jīng)消毒液浸泡消毒后統(tǒng)一處理,如焚燒等;
(4)擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)可能會用到某些可致基因突變和有毒物質(zhì),應(yīng)特別注意實驗人員的安全防護(hù)。